A fim de comemorar os 20 anos do personagem, a SEGA resolveu apostar em uma abordagem tão radical quanto promissora: as versões antigas e novas do ouriço em um mesmo bom jogo. Eis a “história” que embala o crossover bastante particular da SEGA: o Sonic dos dias modernos — com olhos verdes e estranhamente inclinado a dizer coisas como “cool!” — volta no tempo e se encontra com sua contraparte dos dias áureos da série. Ambos então juntam forças contra uma ameaça terrível que pretende consumir o passado.